Looduskaitse alla on võetud sellised puud, kes  on kas ohustatud, haruldased, suuremõõtmelised või teadusliku, esteetilise, kultuuriloolise või rahvapärimusliku väärtusega ja kes ilmestavad maastikku (mõnel kaitsealusel puul on kõik need eeldused). Vastavalt looduskaitseseadusele (2004) tuleb kaitstavate üksikpuude ja puude rühmade ümber moodustada kuni 50 m raadiusega piiranguvöönd; kui puu kasvab eramaal (näiteks talu metsas), peab omanik lubama huvilistel päikese tõusust kuni loojanguni selle juurde minna. Kui kaitsealune puu kasvab kellegi õuemaal, saab seda vaatamas käia üksnes kohaomaniku loal.

Eestis on 2011. aastal seisuga looduskaitse all 736 üksikpuud ja puuderühma, neist 101 Harjumaal (sh Tallinnas 52), 21 Hiiumaal, 25 Ida-Virumaal, 30 Jõgevamaal, 26 Järvamaal, 18 Läänemaal, 40 Lääne-Virumaal, 40 Põlvamaal, 59 Pärnumaal, 85 Raplamaal, 57 Saaremaal, 84 Tartumaal (sh Tartus 31), 34 Valgamaal, 64 Viljandimaal ja 52 Võrumaal.

• Eestis algatas üksikpuude ja puude rühmade riikliku looduskaitse Gustav Vilbaste, kui ta sai 1936 riiklikuks looduskaitseinspektoriks. Kaitsealuste objektide esimesse nimestikku võttis ta 81 põlispuud, 1940. aastaks oli nende arv kasvanud 502-ni ning 1941. aastal lisandus veel 17 nimetust. Umbes kolmandik neist puudest on kaitse all tänini ning tänu omaaegsele kaitsele ongi nad säilinud meie päevadeni. Esimestena võeti kaitse alla 1936. aastal Rava tammed Järvamaal, praegu moodustavad need puud Rava maastikukaitseala südamiku. Viimasena lõpetavad selle nimekirja veel enne Teist maailmasõda kaitse alla võetud, samuti Järvamaal kasvavad Mäo mõisa pargi elupuud.
• 1950. aastatel kooskõlastas puude looduskaitse alla võtmist ENSV Teaduste Akadeemia Looduskaitse Komisjon. 1957. aastal vastuvõetud looduskaitseseadus lubas teha otsuseid nii vabariiklikul kui ka kohaliku omavalitsuse tasandil (määrati vabariikliku ja kohaliku tähtsusega looduskaitseobjektid). Mõnes rajoonis oli looduskaitsealuseid puid tunduvalt rohkem kui mujal ja enamasti sõltus see kohalike aktivistide tegevusest. 1959. aasta koondnimekirjas oli 335 looduskaitsealust puud (täielik nimekiri on avaldatud „ENSV looduskaitse teatmikus”, 1960).

Eesti vanimaid kaitsealuseid puid

Jõgevamaal Pala vallas Ranna külas kasvab Tuhandeaastane tamm, kes on looduskaitse all 1937. aastast

Viljandimaal Viiratsi vallas Vana-Võidu külas kasvav Tamme-Koori ehk Viiralti tamm on looduskaitse all 1937. aastast

Eestis võeti esimesena looduskaitse alla Rava tammed Järvamaal (1936)

Suurmeestega seotud puid

Tallinnas Niguliste kiriku juures kasvab nn Kelchi pärn, kes on oma nime saanud Niguliste tollase pastori ja kroonikakirjutaja Christian Kelchi auks

Harjumaal Kernu vallas Kernu külas otse Tallinna-Pärnu maantee ääres kasvab 7-keeruga kadakas (looduskaitse all 1936. aastast)

Jõgevamaal Jõgeva vallas Laiuse kirikla pargis kasvab pärn, mille istutamisajaks on dateeritud 1701. aasta. Looduskaitse all on ta 1959. aastast

Osa puid on erilised seetõttu, et teda on väisanud mõni Eesti kultuuritegelane (näiteks on Eduard Viiralt teinud oma taiestega kuulsaks Tamme-Koori tamme) või tähistab puu kellegi hauda (näiteks Tallinnas Niguliste kiriku juures 1680. aastal istutud pärn, kelle alla maeti 1710. aastal surnud kirikutegelane ja kroonikakirjutaja Christian Kelchi), osa aga seetõttu, et puu on istutanud suurmees.

Rahvpärimustes on palju juttu Rootsi kuninga Karl XII istutatud puudest (üldtuntud on Kernu 7-keeruga kadakas). Enamasti ei ole enam võimalik nende väidete tõesust kinnitada, kuid Laiuse pärna kohta on kroonikas vastavad viited olemas.

Eesti jämedaimad ja kõrgeimad puud

1996. aastast on Eesti jämedaimate ja kõrgeimate puude kohta korjanud süstemaatiliselt andmeid loodushoiuline ühendus „Metsaordu” (seda suunab Hendrik Relve), kes on inventeerinud üle 2000 puu, sh kõik looduskaitsealused puud. Tuvastatud on palju selliseid puid, kellel on erakordsed mõõtmed või kuju, kuid kes pole siiani kaitse alla võetud.

EE 11, 2002 (H. Relve); muudetud 2012